并入综合所得和不并入综合所得区别如下：
1、税率不同：
（1）年终奖单独计税时，使用的月度税率表；
（2）而综合计税时，使用的是综合所得年度税率表。当然年终奖使用的月度税率表，也是从综合所得税率表转化而来。；
2、计税依据不同：
（1）年终奖单独计税时，需要使用年度奖金总额除以12的数值，作为计税依据确定税率；
（2）而综合计税时，年终奖需要并入综合所得，按照综合所得确定税率。由于计税依据不同，也会产生不同的结果；
（3）年终奖单独计税时，是需要缴纳税款的；而综合计税时，可能并不需要缴纳税款。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
第
有下列情形之一的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整：
（一）个人与其关联方之间的业务往来不符合交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额，且无正当理由；
（二）居民个人控制的，或者居民个人和居民企业共同控制的设立在实际税负明显偏低的国家（地区）的企业，无合理经营需要，对应当归属于居民个人的利润不作分配或者减少分配；
（三）个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益。
税务机关依照前款规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并依法加收利息。